智者大师之父是梁朝官吏。智者大师十七岁时,值梁末兵乱。遂在荆州长沙寺佛像前发愿为僧。十八岁投湘州(今湖南长沙市)果愿寺法绪出家,授以十戒。师叫他去慧旷律师处学律,二十岁受具足戒。此时他已精研律学,深好禅观。陈文帝天嘉元年(560),听说慧思禅师从北方南下,居于光州(今河南光山县)大苏山,他即前往请益。慧思为他演说四安乐行。他日夜勤习,造诣甚深。二十三岁拜慧思为师,修习禅法,证得法华三昧。陈光大元年(567)慧思临去南岳时,嘱他往金陵(今南京)弘传禅法,他即与法喜等二十七人一同东下,到达陈都讲禅。两年后(569),受请主瓦官寺开讲《法华经》,树立新的宗义,判释经教,奠定了一宗教观的基础。
智顗住瓦官寺前后八年,除讲《法华经》外,另讲《大智度论》和《次第禅门》(即《释禅波罗蜜次第法门》),并写出了《六妙法门》等。陈太建七年(575),离开金陵,初入天台山,于北面山峰,创立伽蓝,栽植松栗,引入流泉。又往寺北的华顶峰,行头陀行,昼夜禅观。陈至德三年(585)三月,智顗再到金陵,住灵曜寺。陈少主请于太极殿讲《大智度论》,又讲《仁王般若经》,慧暅、慧旷、慧辩等名僧都奉命参加讨论。后移居光宅寺,讲《法华经》。弟子灌顶随听随记,录成《法华文句》。此后智顗所讲经义,多由灌顶笔录成书。陈亡,智顗上庐山隐修。隋开皇十一年(591),晋王杨广为扬州总管,遣使到庐山坚请智顗往扬州传戒,他即前去为杨广授菩萨戒,受“智者”称号。次年(592)回到故乡荆州,于当阳县玉泉山创立玉泉寺。此后两年(593—594)在寺讲《法华经玄义》和《摩诃止观》。开皇十五年(595)春,智顗又从杨广之请,再到扬州,撰《净名经疏》。九月,辞归天台,重整山寺,习静林泉,此时已五十八岁。此后两年(597),会稽嘉祥寺沙门吉藏,曾奉书天台邀请他到嘉祥寺讲《法华经》,他因病未能前往。过了些时,他在病中对弟子们口授《观心论》。十月,杨广遣使入山迎请,他勉强出山,走到石城,疾亟不能前进,不久入寂,世寿六十岁,僧腊四十。智顗生平造寺三十六所,入灭后,晋王依他遗愿在天台山另行创建佛刹,后于大业元年(605),题名为国清寺。